玛丽在九岁以前，一直生活在印度。她的父亲在印度为英国政府工作，母亲整天忙于社交。因得不到父母的爱，玛丽变得孤僻任性、专横跋扈、自私自利。一场霍乱使她失去了父母。她被送回到了英国约克郡的舅舅家里。
    她舅舅住在一座非常古老而奇怪的房子里，它位于无边无际的旷野的边缘。这房子充满了神秘感，大部分房间都锁着，有许多地方不能随便去。一开始玛丽根本不喜欢这里：旷野的风，阴沉的天，阴暗而古旧的房子。
    他的舅舅是个非常奇怪的人，自从十年前失去了心爱的妻子，他就开始憎恨别人，不愿见到任何人。他把妻子非常喜欢的花园锁了起来，并把钥匙埋到了地下。从此那个花园就变成了一个秘密的地方，十年来没有任何人进去过。
    玛丽决心去寻找秘密花园的门和钥匙。在一只知更鸟的指引下，她找到并打开十年没人进入的花园。自从玛丽进了秘密花园，一切都从此开始改变。秘密花园好像有一股魔力，它能让痛苦的人看到生活的快乐，也能让死去的心灵重新复活。
    玛丽变了，在旷野的风中，在植物的蓬勃生机中，她变得快乐、健康、充满爱意。她把关爱带给了别人。她在一天夜里发现了房子里的一个巨大的秘密——他的舅舅有一个一直卧病在床的儿子，科林。这个男孩子总是怀疑和担忧自己会长成一个驼子，而且总是以为自己快死了，所以每天都生活在孤独、愤怒和痛苦的折磨之中。这和玛丽当初在印度的生活经历是那么相似，他的性格也和以前的玛丽一样孤僻任性、专横跋扈、自私自利。然而随着玛丽在他生活中的出现，他逐渐认识到了自己真正的问题的根源。
    春天来了，在玛丽和迪肯的照料下，园里的植物渐渐焕发出了生机。迪肯是个平民的孩子。他爱大自然中所有的东西。他跟动物交朋友。他带着阳光般的笑容出现在科林面前。在他和玛丽共同的帮助下，渐渐地，十年没见过春天、没见过阳光、没吹过旷野的风、没站起来过的科林，在秘密花园里，不仅身体康复，也不再孤独，整天都是笑声，他找到了生活的快乐。
    不仅如此，重新找回生活的信心的还有科林的父亲。他在冬天将要结束的时候离开了家，去欧洲大陆旅行。在奥地利一个群山环绕的寂静而安宁的山谷中，他梦到了他的爱人和那秘密花园。在夏季快要结束的时候，他回到了家中。他来到秘密花园，看到了健康快乐的科林和鲜花盛开的花园。爱和大自然的力量最终改变了他。他开始了新的生活。

玛丽在九岁以前，一直生活在印度。她的父亲在印度为英国政府工作，母亲整天忙于社交。因得不到父母的爱，玛丽变得孤僻任性、专横跋扈、自私自利。一场霍乱使她失去了父母。她被送回到了英国约克郡的舅舅家里。
    她舅舅住在一座非常古老而奇怪的房子里，它位于无边无际的旷野的边缘。这房子充满了神秘感，大部分房间都锁着，有许多地方不能随便去。一开始玛丽根本不喜欢这里：旷野的风，阴沉的天，阴暗而古旧的房子。
    他的舅舅是个非常奇怪的人